Unityのプロジェクトを作ると、
Assets、Library、ProjectSettingsの3つのフォルダができます。

Assetsには、スクリプト、テクスチャ、サウンドなどのUnityにインポートしたすべてのファイルが置いてあります。
プロジェクトブラウザーに出ているものと一致します。

ProjectSettingsには、メニューのProject Settingsで設定する項目を保存したデータが置いてあります。

Libraryにあるのは、Unityがビルドしたスクリプトやアセットのバイナリデータなどの管理用のデータのようです。
プロジェクトブラウザーでファイルを追加したり、消したりする場合はここにあるデータがおかしくなることはないようです。
Unityを開かずにファイルを消したり、更新したりしてUnityを実行すると、Libraryのデータが壊れてしまいプロジェクトが開けなくなるということが起きました。

解決策としてはLibraryフォルダの作り直しが必要です。
Libraryの作り直しにはmetaファイルに保存されているデータが必要です。
Unityはmetaファイルのデータを読み込んでLibraryを作っているからです。
すべてのファイルのmetaファイルがある場合は、Libraryフォルダを削除してプロジェクトを立ち上げると直ります。