最近気付いたことなのでいつからある機能なのかわかりません。少なくとも今使っているUnity5.3.4f1 Personalには以下の機能があります。

シーンビュー上で3D/2Dに関わらずゲームオブジェクトが重なってしまうことがあります。選択したいものの一部がクリックできれば選択状態にできますが、大きいものが手前に来るなどしているとクリックできず選択できないことがあります。

シーンビュー上でクリックを繰り返すと、選択されるゲームオブジェクトが切り替わっていきます。クリックしたところにレイキャストして貫通したゲームオブジェクトを順番に選択しているような挙動をします。
以下はUIでの例です。キャンバスが複数あり、UIは階層構造を持っています。クラブのQを選択したいのですが、上に重なっているUIがあるため直接は選択できません。何回かクリックすることでクラブのQが選択状態に切り替わりました。


3Dでも同じようなことができます。2つのときはうまくいったのですが、3つ以上のゲームオブジェクトが重なっているときはうまくいくこともあれば、選択できないこともあったのでよくわかりません。
あと位置移動のためのギズモをクリックしたときは選択切り替えは起こりません。それはゲームオブジェクト平面上で動かすためのショートカットが優先されるからです。


重なったゲームオブジェクトをシーンビュー上で選択するには、そのゲームオブジェクトがあるところを何回かクリックしてみると良いです。これに慣れるとUnity UIを作るのが楽になります。