Unity5.3から5.4になったときにNetworkMatchつまりマッチメイキングの処理の呼び出し方法が変更されました。5.3以前の処理を書いている場合は多少修正が必要になると思います。
書き直すのは面倒ですが、修正されているところ(マッチングのフィルタリング)があるのでやってみる価値があります。
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左が5.3で右が5.4のUnityEngine.Networking.Matchのクラスの一覧です。5.3では~Requestと~Responseがたくさんあります。これらはマッチングを行うときのメソッド(NetworkMatch.CreateMatchなど)に渡す情報とマッチング処理を行ったときの結果を返すためのものです。
5.4ではマッチングを行うときのメソッドに直接値を渡す方式のみになったため、~Requestがなくなったようです。(5.3では~Requestを渡す方法と直接値を渡す方式がありました。値を渡す方式だけ生き残ったということです。)
~Responseは元々冗長なクラスでした。~Responseは成功したかどうかとサーバーでのエラーについての情報とそれぞれのマッチング処理の情報という形式です。3つのメンバーしかないので、わざわざクラス化しなくても良いという判断で5.4でなくなったのではないかと思います。5.3のCreateMatchResponseJoinMatchResponseは同じ情報を持つのに違うクラスでしたし、メンバーもわざわざ基本型で書いてありました。5.4では整理されてきれいにまとまった感じです。
あとはMatchDescMatchInfoSnapshotに変わりました。なぜ……

5.3でCreateMatchなどを使っていた場合は、5.4のCreateMatchに合わせる必要があります。呼び出し引数が変わっているのでその対応をすれば動くはずです。いくつかのパラメータは空文字や0で無効にして呼ぶことが多いでしょう。
requestDomainという値が重要でこれが同じ値のものとマッチングするようになっています。この値が違うとマッチングしないようになっているので、通信する内容が変わった場合は値を変えておくと問題が起きません。アプリのバージョンとかと同じように通信のバージョンを管理しておくと良いと思います。

以前はrequestDomainに対応しているような機能があったのですが、うまく機能してなくて互換性がない状態でマッチングが起こっていました。当然、通信が発生したときに情報が解釈できずエラーになって失敗します。5.4からはこれが動いているというのを確認しました。(Windows、Mac、Android、iOSにて)
これがあるとUnity Multiplayerに変更のあるアプリのバージョンアップを行うことができます。バージョン違いのものを住み分けることで共存できます。